İzmir Cumhuriyet Başsavcılığı tarafından 18 Şubat 2016 tarihinde kapsamlı FETÖ operasyonları başlatılmıştı. İş adamlarını da kapsayan operasyon sonucunda, o sıralarda ABD'de olan Emir Ağbaş hakkında arama kararı çıktı. Ağbaş bundan habersizdi. " Adnan Menderes Havalimanına " gelir gelmez yakalanmıştı. O tarihlerden itibaren hakkında geniş kapsamlı araştırma başladı. İşin aslı ise sonradan anlaşıldı. Kendisi FETÖ örgütüne finansal kaynaklar bulmaktaydı. Aynı zamanda " PDY " kanatı işin içine girdi. Bu iki ötgüte parasal konuda yardım ve bazı bölgelerden ise maddi kaynak sunduğu ortaya çıktı.

                                          " Hakkındaki Deliller Toplanmaya Başlandı " 
Ağbaş hakkında derin incelemelerden sonra bağlantılı olduğu örgüt ve bu örgüte bağlı çalışan kişiler saptandı. İş adamı örgüte parasal açıdan büyük destekler verdiği anlaşıldı. Sunduğu parasal yardım ve buna ek olarak iş anlamında maddi kaynak çıkardığı da ortaya çıktı. Tüm bu deliller " Suç Örgütüne " ne kadar yakın olduğunun zaten ispatıydı. FETÖ/PDY örgütüne kısa  sürede parasal açıdan baya yüklü miktarlar aktarması da dikkatlerden kaçmadı. Ağbaş'ın görüştüğü ve konuşarak anlaştığı kişilerde bu süre içinde ortaya çıkarıldı.

                                        " 8 Yıl 1 Ay 15 Gün Hapis Cezası " 
İş adamı Emir Ağbaş, suç ve silah örgütüne yakın yardım ve maddi açıdan bazı özel kaynaklar bularak yardım eme suçlarından dolayı " 8 Yıl 1 Ay 15 Gün " hapis cezasına çarptırıldı. Tutukluluğunu devam ettirecek etkenler de var. " Silah Örgütüne " olan yakınlığı ve yardım etmesi durumlarından dolayı da cezasının uzama durumuda var. Kendisiyle iş birliği yapan, telefon konuşmalarına takılan ve anlaşma yaptığı diğer kişilerde bu süre içerisinde araştırıldı.